Alligatorskjæren bruker et hydraulisk drivsystem; dens kjernemekanisme involverer en hydraulisk pumpe som genererer trykk for å aktivere en hydraulisk sylinder, og skaper derved skjærkraft basert på innflytelse. Under drift fester en nedholdingsanordning først metallmaterialet på plass; deretter driver hovedtrykksylinderen det bevegelige bladet (øvre blad) mot det stasjonære bladet (nedre blad), og kutter metallet under enorm skjærkraft. Maskinen er oppkalt etter likheten mellom dens strukturelle handling med åpning og lukking av en alligators kjever.
Alligatorsakser tilbyr tre driftsmoduser: tommer, halvautomatisk og helautomatisk. I inching-modus må skjæreknappen holdes nede kontinuerlig for at maskinen skal fungere. I halvautomatisk modus utløser et enkelt trykk på knappen én komplett klippesyklus. I helautomatisk modus opererer maskinen kontinuerlig uten at det kreves knappetrykk, og går automatisk gjennom sekvensen med klemme (holdeanordningen går ned), klipping (bladet går ned), frigjøring (holdeinnretningen og bladet trekkes tilbake) og klemmes igjen.
Sammenlignet med mekanisk drevne sakser, gir hydrauliske systemer fordeler som kompakt størrelse, lav vekt, lav treghet, lav støy, jevn drift, brukervennlighet og enkel implementering av overbelastningsbeskyttelse. Avanserte modeller inkluderer hurtigvirkende kretser (f.eks. ved bruk av høyhastighets ventilmanifolder) for å øke skjærhastigheten og øke hastigheten fra 8 til 12 kutt per minutt uten å øke motoreffekten eller pumpeforskyvningen - og dermed øke produktiviteten. De hydrauliske systemene bruker vanligvis patronventiler, som tilbyr fordeler som enkel konstruksjon, forurensningsmotstand og raske responstider.
Operatører må holde seg fullt fokusert og holde kroppen unna utstyrets bevegelige deler og skjæresonen for å forhindre skade fra materiell tilbakeslag eller knepping. Riktig driftsmodus bør velges basert på materialets form og stabilitet, og farlige handlinger – som å hente gjenstander eller foreta justeringer – må unngås innenfor maskinens driftsområde.
